食品学院前身是1958年成立的畜产品加工专业。1988年，畜产品加工教研室和园产品加工教研室合并成立食品科学系。1998年成立食品学院。2016年，食品科学与工程专业全国排名第三名（全国共308所院校）。

东北农业大学食品学院以服务教学为宗旨、服务学生为目标，近几年本科生招生稳定在400人左右，招生专业为食品科学与工程类，食品本硕博连读。

学院设有食品科学与工程系、食品质量与安全系、粮食工程系、乳品工程系、食品科学与工程实验教学中心、学院教务科5个教学机构；食品科学与工程专业是省级重点专业、国家级特色专业，粮食工程专业和乳品工程专业为全国首家。乳品工程是“3+1”培养模式，全日制本科生总数稳定在1800名左右。

食品学院拥有“十二五”国家“专业综合改革试点”、 重点专业、特色专业、国家级大学生校外教育基地、国家级实验教学示范中心、国家级虚拟实验教学中心。曾获得国家教学成果二等奖一项，黑龙江省教学成果一等奖1项，二等奖2项。